质粒电泳的“三胞胎鬼影”：明明只提了一种质粒没加酶切，为什么跑胶跑出了三条带？
1965 年 7月15日 · 质粒小提试剂盒（Miniprep）、琼脂糖凝胶与 DNA Ladder 分子量标准
你知道吗？
同样是五千个碱基的环状质粒，拧成麻花球的超螺旋像子弹一样冲在最前头，断了一根筋的开环像笨重的呼啦圈卡在最后头——没做单酶切线性化之前，千万别拿 Marker 去量质粒的身高！
几乎所有第一次用质粒小提试剂盒（Miniprep）提完质粒、直接点样跑琼脂糖凝胶电泳的新手，在紫外凝胶成像仪亮起的那一刻都会惊呼出声：“天哪！我的菌是不是污染了？我明明只挑了一个单菌落提了一种 的质粒，连内切酶都没加，怎么泳道里整整齐齐跑出了高矮胖瘦完全不同的 3 条带？
而且最亮的那条带对应的 Marker 位置居然只有 ？”别慌，你没有提错质粒，你只是亲眼见证了加州理工学院的杰罗姆·维诺格拉德（Jerome Vinograd）在 1965 年《PNAS》上揭示的环状 DNA 拓扑变形记！
不同于一根直来直去的线性 DNA，细菌体内的天然质粒是一个首尾闭合的双链圆环。为了塞进狭小的细菌体内，拓扑异构酶会把这根圆环像拧橡皮筋一样狠狠拧上好几圈，让它自己缠绕缩成一颗极其紧凑致密的“麻花球”——这就是超螺旋构象（Supercoiled Form I）；因为体积缩成了一个小线团，它在钻琼脂糖凝胶网格时阻力最小，跑得比同分子量的线性 Marker 快得多，冲在最前头！
而在碱裂解提质粒的折腾中，有一部分质粒的双链不小心被扯断了其中一根链，瞬间泄力松开变成了一个巨大的“松散呼啦圈”——即开环构象（Open-Circular / Nicked Form II），它在凝胶网格里处处卡壳，跑在最后面；至于偶尔两根链在同一位置都断掉变成一根长棍子的线性构象（Linear Form III），则老老实实跑在两条带正中间！