逆向冲刺撞飞在帽子头上:麦克奈特引物延伸法单碱基锁定 TSS - biodays
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逆向冲刺撞飞在帽子头上:麦克奈特引物延伸法单碱基锁定 TSS

1982 年 6月18日 · 禽成髓细胞瘤病毒逆转录酶(AMV Reverse Transcriptase)、5' 端 32P 标记特异寡核苷酸引物与超薄测序凝胶

摘要

S1核酸酶过度消化易磨损末端产生假带;引物延伸法用逆转录酶沿mRNA反向合成直到5'帽子脱落,电泳单条带精确锁定转录第一位。

你知道吗?

在生命的倒车雷达里,唯有以撞碎挡板为终点,才能测出空间最极致的尽头。

虽然S1核酸酶绘图法功勋卓著,但它有一个致命瑕疵:S1酶在富含AT的末端容易发生呼吸性过度水解,把杂交双链边缘多啃掉两三个碱基,在胶片上留下一堆毛刺杂带。1982年卡内基研究所的麦克奈特与金斯伯里在解析启动子控制信号时,将逆转录酶推向了单碱基分辨率的巅峰——发明了经典的引物延伸法。

研究人员合成一条约20个核苷酸、能特异退火在mRNA编码区下游的寡核苷酸,并用T4 PNK在5'端打上放射性标记。将引物与总RNA杂交后,加入高保真逆转录酶与dNTPs。逆转录酶以mRNA为模板,顺着单链RNA向5'端飞速延伸cDNA链;当它一路狂飙冲刺到mRNA最顶端、狠狠撞上真核特有的m7G 5'帽子结构时,由于前方再无模板,逆转录酶瞬间脱轨坠落终止合成!

将延伸产物与平行的质粒双脱氧测序梯同槽电泳,胶片上会浮现出一条锐利无比的单一黑带,直接指认转录启动的第一个核苷酸是A还是G。

来源

paper · McKnight, S. L., & Kingsbury, R. (1982). Transcriptional control signals of a eukaryotic protein-coding gene. Science, 217(4557), 316–324.

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1982 年 6月18日
PAPER
BIO-C2-45