逆向冲刺撞飞在帽子头上:麦克奈特引物延伸法单碱基锁定 TSS
1982 年 6月18日 · 禽成髓细胞瘤病毒逆转录酶(AMV Reverse Transcriptase)、5' 端 32P 标记特异寡核苷酸引物与超薄测序凝胶
你知道吗?
在生命的倒车雷达里,唯有以撞碎挡板为终点,才能测出空间最极致的尽头。
虽然S1核酸酶绘图法功勋卓著,但它有一个致命瑕疵:S1酶在富含AT的末端容易发生呼吸性过度水解,把杂交双链边缘多啃掉两三个碱基,在胶片上留下一堆毛刺杂带。1982年卡内基研究所的麦克奈特与金斯伯里在解析启动子控制信号时,将逆转录酶推向了单碱基分辨率的巅峰——发明了经典的引物延伸法。
研究人员合成一条约20个核苷酸、能特异退火在mRNA编码区下游的寡核苷酸,并用T4 PNK在5'端打上放射性标记。将引物与总RNA杂交后,加入高保真逆转录酶与dNTPs。逆转录酶以mRNA为模板,顺着单链RNA向5'端飞速延伸cDNA链;当它一路狂飙冲刺到mRNA最顶端、狠狠撞上真核特有的m7G 5'帽子结构时,由于前方再无模板,逆转录酶瞬间脱轨坠落终止合成!
将延伸产物与平行的质粒双脱氧测序梯同槽电泳,胶片上会浮现出一条锐利无比的单一黑带,直接指认转录启动的第一个核苷酸是A还是G。